In Frankreich hatte die calvinistische Richtung des Protestantismus Einfluß gewonnen. Zwischen ca. 1535 und 1560 war ihre Anzahl auf ca. 10% der Bevölkerung angestiegen. Wegen ihrer zahlreichen geistlichen und persönlichen Verbindungen in die reformierten Gegenden der Schweiz wurden sie „Hugenotten“ (= „Eidgenossen“) genannt und argwöhnisch beobachtet, unterdrückt und aktiv verfolgt (Hugenottenkriege). Die Verfolgung gipfelte in der blutigen „Bartholomäusnacht“ 1572, in der mehrere Tausend Protestanten in Paris ermordet wurden.
König Heinrich IV., der selbst evangelisch gewesen, und um französischer König zu werden, zum Katholizismus übergetreten war („Paris ist eine Messe wert“ lautet sein – nicht verbürgter- Kommentar zu diesem Schritt), gewährte in dem berühmten Edikt von Nantes 1598 den Protestanten in Frankreich religiöse Toleranz:
Sie wurden zu staatlichen Ämtern und nichtkatholischen Ausbildungsstätten zugelassen, bekamen 150 Zufluchtsorte und 51 bewaffnete „sichere Plätze“ zugestanden, ihr Gottesdienst wurde in einigen Städten erlaubt, eine allgemeine Religionsfreiheit wurde verkündet. Insgesamt blieb aber der Katholizismus Staatsreligion und wurde sogar gestärkt.
Die Nachfolger Heinrichs fuhren alle diese Errungenschaften wieder zurück. 1685 hob Ludwig XIV. das Edikt von Nantes im „Edikt von Fontainebleu“ wieder auf, was zu einer großen Flüchtlingswelle (über 200 000) französischer Protestanten führte.